Dezynfekcja wody basenowej ma na celu zatrzymanie mikrobiologicznej aktywności i zniszczenie mikroorganizmów. Dezynfekcja nie oznacza sterylizacji, gdyż niektóre z organizmów mogą przeżyć w stanie nieaktywności np. tworząc przetrwalniki, które nie rosną i nie rozmnażają się, ale istnieją.
Gdy warunki otoczenia staną się korzystne, przyjmą ponownie swój aktywny stan i mogą się szybko rozmnożyć. Dlatego dezynfekcja musi być prowadzona ciągle. Produkty stosowane są w stężeniu działającym szkodliwie na mikroorganizmy, nie zaś na ludzi. Normalne warunki dla dobrej dezynfekcji to: 0,5 do 1,0 mg/l chloru, pH pomiędzy 7,0 a 7,6.